W grudniową Noc Pasterską 2002 r. w kościele Trójcy Świętej w Chicago dokonał się akt zawierzenia wspólnoty parafialnej Niepokalanemu Sercu Maryi. Od tego wydarzenia rozpoczęła się perygrynacja figury Matki Bożej Fatimskiej w rodzinach polonijnych.
Obejmując we wrześniu 2002 r. przewodzenie Polskiej Misji Duszpasterskiej ks. Paweł Bandurski, chrystusowiec, powiedział znamienne słowa: „Otrzymując tak wspaniałe dziedzictwo, pragnę kontynuować dotychczasowe formy duszpasterstwa i z tej płaszczyzny planować przyszłość”. I słowa dotrzymał. Wszystkie wcześniej istniejące na Trójcowie grupy i wspólnoty religijne działają aktywnie, ale również w odpowiedzi na potrzeby wiernych powstało wiele nowych.
Zostały wprowadzone dodatkowe Msze św.: pierwszopiątkowe z prośbą o uzdrowienie, pierwszosobotnie fatimskie poprzedzone o godzinie 18.00 różańcem wraz z rozważaniem tajemnic, cotygodniowe w środy z Nowenną do Matki Boskiej Nieustającej Pomocy, piątkowe z nauczaniem skierowanym do poszczególnych grup parafialnych. Na zakończenie porannej Mszy św. w każdą środę, która jest poświęcona św. Józefowi, odprawiana jest Nowenna ku czci tego Świętego. Od lat trwają nabożeństwa oraz Nowenna do św. Antoniego przez dziewięć wtorków w kwietniu i maju, aż do dnia 13 czerwca, kiedy wypada dzień wspomnienia Świętego.
Nabożeństwa majowe, czerwcowe do Serca Pana Jezusa, Godzinki, Nowenna za wstawiennictwem Sługi Bożego Jana Pawła II stanowią w kościele Świętej Trójcy stałe i ważne elementy życia religijnego wspólnoty.
Adoracja Najświętszego Sakramentu odbywa się w piątki w godzinach od 15.00 do 19.30 oraz przed każdą Mszą św. niedzielną.
Od 2004 r. przygotowania do setnej rocznicy konsekracji świątyni poświęcone były innemu tematowi. Obecny rok upływa pod hasłem „Maryja rodząca nas do życia w Duchu Świętym”.
Troska o duchowy rozwój parafian zaowocowała w 2004 r. rozpoczęciem niedzielnych katechez dla dorosłych. Odpowiadając na wezwanie Papieża Jana Pawła II o formację wewnętrzną tej grupy wiernych, w niedzielne południe katechezy głosi ks. Paweł Bandurski. Tematy obejmują szerokie spectrum problematyki religijnej, jak również sprawy dnia codziennego z perspektywy wiary katolickiej.
W 2004 r. zawiązała się Wspólnota Rycerzy Miłosierdzia Bożego. Od października 2005 r. co miesiąc w niedzielę o godzinie 15.00 modlą się w Godzinie Miłosierdzia Bożego. Biblijne spotkania prowadzi Wspólnota Lektorów. Wielu parafian odnajduje się we wspólnocie Odnowy w Duchu Świętym. Bractwo Różańcowe trwa wiernie z Maryją w modlitwie. Wspólnota Kościoła Domowego działa w trosce o dobro rodziny. Członkowie Wspólnoty Młodzieżowej i zespół muzyczny „Vox Domini” spotykają się na modlitwie i dzieleniu się wiarą.
W 2005 r. w parafii Świętej Trójcy rozpoczął działalność Ruch Krzewienia Duchowej Adopcji Dziecka Poczętego. Św. Joanna Beretta Molla, której relikwie są przechowywane w kościele, przypomina o obowiązku poszanowania i ochrony życia. Duchowa Adopcja Dziecka Poczętego polega na odmawianiu w jego intencji codziennie przez 9 miesięcy jednej dziesiątki różańca.
W trzecią niedzielę Wielkiego Postu 2006 r. przyjęto pierwszych członków do odrodzonego Towarzystwa św. Józefa. Inicjatywie tego zasłużonego dla Trójcowa Towarzystwa zawdzięczamy powstanie przed laty naszej świątyni. Najmłodszą ze wspólnot parafialnych jest Krucjata Wyzwolenia Człowieka, która pomaga ludziom zniewolonym nałogami. Rekolekcje wielkopostne i adwentowe przygotowywane osobno dla młodzieży i dla dorosłych.
Z okazji rocznic uchwalenia Konstytucji 3 Maja oraz odzyskania przez Polskę niepodległości odbywają się Msze św. i czuwania w intencji Ojczyzny.
Każda data kalendarza liturgicznego stanowi dla Duszpasterzy misji Świętej Trójcy asumpt do przybliżania prawd wiary służących wzrastaniu duchowemu i moralnemu parafian. W święto Księży Chrystusowców posługujących na Trójcowie ponowiony został uroczysty akt intronizacji parafii Najświętszemu Sercu Chrystusa Króla Wszechświata. W związku z obchodzonym w 2005 r. w Kościele Rokiem Eucharystycznym, jak również corocznie w Uroczystość Trójcy Przenajświętszej wierni uzyskują odpust zupełny pod zwykłymi warunkami.
Realizując swój charyzmat troski o duchową kondycję polskich emigrantów, Księża Chrystusowcy wraz z Siostrami Misjonarkami podjęli modlitewne czuwanie w intencji Polonii. W łączności z czuwającymi na Jasnej Górze w październiku każdego roku wierni gromadzą się na modlitwie, aby błagać Maryję o wstawiennictwo i wyproszenie potrzebnych łask Polakom rozsianym po całym świecie.
Wzywając katolików do nowej ewangelizacji kard. Francis George wyznaczył kościół Świętej Trójcy dla społeczności polonijnej do przeprowadzenia „24 Godzin Łaski”, czyli całodobowej spowiedzi, adoracji Najświętszego Sakramentu oraz modlitwy w intencji wybłagania łaski nawrócenia.
Dla dziewcząt Siostry Misjonarki Chrystusa Króla przygotowały w lutym 2006 r. dzień skupienia o tematyce: „Przyjaźń - darem Boga na drodze do prawdziwej Miłości”.
Szczególne miejsce w świątyni na Trójcowie stanowią katakumby. Przechowywane są tam relikwie 30 świętych i męczenników Kościoła. W ostatnim czasie zostały uroczyście wprowadzone kolejne relikwie: św. Joanny Beretty Molli i św. Jana Neumanna.
Pogłębieniu wiary służą pielgrzymki do miejsc kultu religijnego: do sanktuarium Najświętszego Sakramentu Matki Bożej Aniołów w Alabamie, do sanktuarium maryjnego w Merryville w Indianie, do klasztoru karmelitańskiego Holy Hill w Wisconsin.
Nowoczesnym elementem duszpasterstwa na Trójcowie jest wykorzystanie mediów do formacji duchowej wiernych. W 2004 r. nastąpiło wznowienie audycji radiowych. W każdą niedzielę od godziny 20.30 do 21.30 nadawany jest program parafialny, który można również odbierać przez internet. Koncert Stanisława Soyki, oraz koncert - misterium „Droga Krzyżowa - muzyczne obrazy i impresje” inspirowane poezją ks. Jana Twardowskiego stanowiły ważne przeżycie artystyczne i duchowe dla słuchaczy.
Trójcowo często gości znamienite postaci Kościoła na czele z kard. Francisem Georgem oraz Prymasem Polski kard. Józefem Glempem. Trójcowo odwiedziła również przełożona generalna Sióstr Misjonarek Chrystusa Króla Matka Edyta Rychel, ks. Tadeusz Winnicki, przełożony generalny Towarzystwa Chrystusowego, ks. Andrzej Maślejak, prowincjał Północno-Amerykańskiej Prowincji Towarzystwa Chrystusowego, ks. Władysław Gowin, pierwszy, wieloletni dyrektor Polskiej Misji Duszpasterskiej na Trójcowie, a także rodzona siostra św. Joanny Beretty Molli i o. Jan Góra, dominikanin, inicjator spotkań młodzieży w Lednicy oraz wielu innych dostojnych gości.
Świadectwem wzrastania Trójcowian w wierze jest wypowiedź młodej parafianki Małgorzaty Mazgaj: „Udział w Eucharystii jest dla mnie rzeczywistym i osobistym spotkaniem z samym Jezusem Chrystusem w Jego męce, śmierci i Zmartwychwstaniu. Wraz z Jego najświętszą ofiarą na krzyżu, ja również zanoszę na ołtarz swoje własne intencje, a przede wszystkim samą siebie. W tej niezwykłej bliskości z Jezusem, niewidzialnej dla oczu, ale tak realnej dla serca, odsłania mi się tajemnica Miłosierdzia Bożego, w której zanurzam wszystkie me zranienia i grzechy. Poprzez jaśniejące promyki Zmartwychwstałego Jezusa, które otulają i przenikają mnie swą nieskazitelna bielą, czuję, że rodzę się do nowego życia. Jest to życie, w którym z pełną świadomością odczuwam, że to, co się wydarzyło 2000 lat temu, nie jest tylko historią, lecz teraźniejszością i przyszłością. Bezgranicznie ufam, że Jezus poprowadzi mnie swoimi ścieżkami i wskaże mi drogowskazy, abym już nigdy nie zbłądziła. Jego święta obecność i nieograniczona miłość wzmacnia me serce, bym nie uległa pokusie, rozjaśnia mój umysł, abym mogła rozpoznać swą drogę w życiu, otwiera mi oczy, abym przejrzała, że Eucharystia jest jedynym i prawdziwym szczęściem na ziemi”.