W Niedzielę Palmową odbywa się uroczysta procesja z palmami od Kaplicy św. Rafała do bazyliki Matki Bożej Anielskiej. Po południu rozpoczyna się pierwsza część kalwaryjskich misteriów – sceny „Wjazdu Pana Jezusa na osiołku do Jerozolimy" oraz „Wypędzenie przekupniów".

Zasadnicza część misteriów odbywa się jednak od Wielkiej Środy, która jest wspomnieniem dwóch ważnych wydarzeń z ostatnich chwil Zbawcy na ziemi: Uczty u Szymona oraz Zdrady Judasza. Poprzedza je śpiew pielgrzymów, którzy zmierzają do swojej świątyni w Jerozolimie.

W Wielki Czwartek, po odśpiewaniu Gorzkich Żali, następuje kolejna część Misteriów Kalwaryjskich. Na początku odczytana jest Ewangelia, po której kustosz sanktuarium obmywa, zgodnie ze zwyczajem, stopy apostołów i głosi okolicznościowe kazanie. Po scenie Ostatniej Wieczerzy pasyjna procesja rusza do Ogrojca. Tam, po zdradzie Judasza, Pan Jezus zostaje skrępowany i przywiedziony przed sąd Rady Żydowskiej. Po Mszy św. Wieczerzy Pańskiej w Wieczerniku następuje całonocna adoracja Najświętszego Sakramentu w Piwnicy Pana Jezusa.

Kulminacją obchodów jest Wielki Piątek, kiedy to dziesiątki tysięcy pątników wcześnie rano zbierają się przy kaplicy U Kajfasza, by tam obejrzeć scenę porannego sądu nad Jezusem. Stąd wyruszają do Piłata i Heroda, by po wysłuchaniu Dekretu, czyli wyroku śmierci na Zbawcę, i wygłoszonej przez metropolitę krakowskiego homilii, towarzyszyć Jezusowi w Jego krzyżowej drodze. Pielgrzymi idą na Golgotę. Po drodze inscenizowane są trzy upadki, spotkanie z Matką, św. Weroniką i niewiastami jerozolimskimi.

W Chwalebne Misterium Męki Pańskiej w sanktuarium kalwaryjskim co roku zaangażowani są alumni bernardyńskiego seminarium i liczne osoby świeckie. Poszczególne sceny prezentowane są przy kolejnych kaplicach-stacjach Drogi. Inscenizacjom towarzyszy czytanie odpowiednich fragmentów Ewangelii i kazania. Aktorzy misterium to obecnie głównie mieszkańcy Kalwarii i okolicznych miejscowości oraz klerycy z tutejszego klasztoru. W role apostołów wcielają się przewodnicy kalwaryjscy.

Misterium kończy się na wzgórzu nad klasztorem w kaplicy Ukrzyżowania. Uroczystości Odpustu Wielkiego Tygodnia wieńczy Liturgia Wielkiego Piątku i przeniesienie Najświętszego Sakramentu do Grobu Pańskiego.

Pielgrzymi przyjeżdżają do Kalwarii po to, by uczestniczyć w Drodze Krzyżowej i towarzyszyć cierpiącemu Zbawcy. Misteria kalwaryjskie należą do dziedzictwa kulturowego Europy, są jednak przede wszystkim przeżyciem duchowym. Tym przeżyciom towarzyszą pielęgnowane od wieków zwyczaje. Święte Schody, tzw. gradusy, usytuowane przy kaplicy Dom Piłata wielu pokonuje na kolanach. Również od tego miejsca pielgrzymi nakładają na głowy cierniowe korony. Przechodząc przez strumień zwany Cedronem, obmywają się w jego wodzie, wierząc w jej uzdrawiającą moc. Na szczyt Góry Ukrzyżowania wędrują dźwigając kamienie, które symbolizują ciężar grzechów.

Misterium odbywa się na rozległym terenie tzw. Dróżek, usytuowanych w okolicy kościoła i klasztoru oo. bernardynów, ufundowanego na przełomie XVI i XVII stulecia przez wojewodę krakowskiego i starostę lanckorońskiego Mikołaja Zebrzydowskiego oraz jego małżonkę Dorotę z Felsztyna Herburtówną. Równolegle ze świątynią i klasztorem powstawały kościoły i kaplice - stacje Drogi Krzyżowej. Była to pierwsza na ziemiach polskich kalwaria, czyli odwzorowanie miejsc świętych w Jerozolimie. Liczy ona 40 kaplic kalwaryjskich położonych pomiędzy Górą Lanckorońską, zwaną tu Górą Oliwną, a górą Żarek, czyli Golgotą.

Nabożeństwo Drogi Krzyżowej połączone z misteriami po raz pierwszy zostało tu odprawione około 1608 roku. Pierwszy scenariusz misteriów ukazał się drukiem w 1618 roku w Krakowie. Odbywały się one nawet w okresie zaborów, przetrwały epokę realnego socjalizmu, traktowane wtedy jako zabytek i rodzaj folklorystycznego widowiska. Po II wojnie światowej o. Augustyn Chadam OFM dokonał odnowy kalwaryjskich misteriów. Do dziś są one odgrywane według jego scenariusza.