Eucharystii przewodniczył abp Tadeusz Wojda, metropolita gdański, a homilię wygłosił abp Edmund Piszcz, arcybiskup senior archidiecezji warmińskiej, znawca postaci i duchowości Sługi Bożej, zaangażowany w przygotowania procesu beatyfikacyjnego.

Pierwszym etapem sesji było uroczyste zaprzysiężenie członków trybunału, w którego skład wchodzili: biskup toruński Wiesław Śmigiel, ks. dr Andrzej Scąber, o. dr Szczepan Tadeusz Praśkiewicz, ks. Paweł Kołatka, ks. prał. Sławomir Oder. Akta dotyczące Sługi Bożej, liczące 7000 stron, zostały zamknięte i zalakowane pieczęcią. Do kongregacji spraw kanonizacyjnych w Rzymie zostaną dostarczone przez ks. prał. Odera.

Następnie bp Wiesław Śmigiel przybliżył postać Matki Magdaleny, zwracając uwagę, że jest ona ważną postacią szczególnie dla osób rozeznających powołanie i "doświadczających oporu ze strony środowiska, nie doceniającego wartości duchowych”. Przypomniał także jej troskę o edukację dziewcząt oraz styl przełożeństwa, wyróżniający się służbą bliźniemu.

W homilii abp Edmund Piszcz zwrócił uwagę na cztery szczególne rysy sylwetki matki Magdaleny: głęboką wiarę, wyrażającą się pełną zaufania więzią ze Zbawicielem; odwagę w pokonywaniu przeciwności; siłę czerpaną z modlitwy, a zwłaszcza rozważania Męki Pańskiej oraz codzienne świadectwo. Nie zabrakło przykładów z życia matki: „Podejmowała czynności, od których ze względu na swoją funkcję była zwolniona, jak pieczenie, gotowanie, mycie ciężkich kotłów, noszenie drwa czy czyszczenie ubikacji”. Nie znosiła pochwał wobec siebie, ale wypełniała ją „radość i prostota, że może siostrom przyjść z pomocą”. Co więcej, była wdzięczna za to, że w dzieciństwie, pomagając w kuchni, w wyniku wypadku straciła jedno oko. „Uchroniło mnie to od zabaw i pokus światowego życia”.

Matka Magdalena Mortęska (1554 – 1631), benedyktynka, mistyczka, zwana polską Teresą z Avila, odnowiła na ziemiach polskich zakon benedyktynek. Za jej życia kongregacja chełmińska w całej Rzeczpospolitej liczyła ponad 20 klasztorów.  Zmarła w opinii świętości i bardzo szybko została wpisana do katalogu świętych benedyktyńskich w Polsce, choć jej proces beatyfikacyjny ze względów historycznych został dwukrotnie przerwany. Wznowienie nastąpiło w roku 2016. Po zakończeniu prac komisji historycznej przyszła pora na zamknięcie etapu diecezjalnego. Od 2006 jej ciało matki Magdaleny spoczywa w specjalnej krypcie przy klasztorze sióstr szarytek w Chełmnie.