Zarzucono mu zwłaszcza, że nie wyjaśniał konsekwentnie tego rodzaju przypadków, postawionych wielu księżom swej diecezji. Dlatego do szczegółowego sprawdzenia tych zarzutów wyznaczono na początku października biskupa Brooklynu Nicholasa DiMarzio. Po rozmowach z niemal 80 osobami z terenu diecezji bp DiMarzio przedstawił swój raport w watykańskiej Kongregacji Biskupów.

Watykan nie podał dotychczas, w jakim stopniu zarzuty wobec bp. Malone’a są słuszne, nie ma też na razie mowy o sankcjach wobec niego. Do czasu mianowania nowego biskupa diecezją Buffalo będzie kierował wyznaczony przez papieża bp Scharfenberger jako administrator apostolski „sede vacante”.

Jeszcze w połowie listopada w przesłaniu wideo do katolików swojej diecezji bp Malone zapewnił, że czuje poparcie ze strony papieża. Podkreślił, że w osobistej rozmowie w Rzymie Franciszek okazał „wiele zrozumienia” dla trudności w jego diecezji. W drugim tygodniu listopada przebywał on w Rzymie wraz z innymi biskupami stanu Nowy Jork w ramach wizyty ad limina.