Zakon Braci Mniejszych (zw. franciszkanami) został założony w Rzymie w 1209 r. przez św. Franciszka z Asyżu i zatwierdzony przez papieża Innocentego III. Niemal od pierwszych chwil jego powstania zarysowały się nieznacznie różnice, które doprowadziły do wyłonienia się grup reformistycznych: gwadelupczyków, obserwantów i konwentualnych, kapucynów, reformatów, rekolektów. Dopiero w XIX wieku papież Leon XIII w konstytucji apostolskiej Felicitate quadam zjednoczył wszystkie te odłamy, przywracając im pierwotną nazwę daną przez św. Franciszka: Ordo Fratrum Minorum (OFM), czyli Zakon Braci Mniejszych.
W 1606 r. Zygmunt Myszkowski sprowadził do Pińczowa reformatów. Ale już w następnym roku musieli opuścić miasto i w ogóle Polskę. Po ukończeniu budowy pięknego renesansowego kościoła na Mirowie (w 1619 r.), różne zakony starały się objąć miejsce opuszczone przez reformatów. Jednak Stanisław Kazimierz Myszkowski, kasztelanic bełzki, postanowił spełnić wolę pierwszego fundatora kościoła (Zygmunta Myszkowskiego), który pragnął osadzić w Pińczowie reformatów. Zwrócił się więc w 1683 r. do reformatów w Krakowie z propozycją przejęcia kościoła na Mirowie. Dekret erekcyjny klasztoru podpisał biskup krakowski Jan Małachowski 13 września 1683 r., niemal w chwili słynnej odsieczy wiedeńskiej. W kronikach klasztornych odnotowano modlitwy zanoszone do Matki Bożej Mirowskiej o zwycięstwo Jana III Sobieskiego. Rada miasta Pińczowa wyraziła zgodę na przybycie franciszkanów. Uroczystości związane z objęciem placówki odbyły się w dniu św. Franciszka z Asyżu, 4 października.
Ośmiu pierwszych reformatów przyjechało do Pińczowa wcześniej, przyjmując gościnny nocleg u paulinów (kościół pw. św. Jana Apostoła i Ewangelisty). Po uroczystym nabożeństwie i okolicznościowym kazaniu, do klasztoru na Mirowie ruszyła procesja. Zebrane tłumy śpiewały nabożne pieśni, a z góry zamkowej grzmiały salwy moździerzy. Po przybyciu do głównych drzwi kościoła znaleźli je - według zwyczaju - zamknięte. Wręczenia kluczy o. Marianowi Guzikowiczowi, pierwszemu przełożonemu klasztoru, dokonał Marcin Dębicki, współfundator klasztoru w Pińczowie. Po dziękczynnym Te Deum ks. Łaskarzewski odprawił sumę, a kazanie wygłosił ks. Jan Dunicz, proboszcz młodzawski.
Zakonnicy zamieszkali w kamienicy znacznie od kościoła oddalonej i trzeba było wybudować przy kościele klasztor. Pospieszył wówczas z pomocą Józef Władysław Myszkowski, brat zmarłego Stanisława, który pozyskał plac przy kościele i przeznaczył go pod klasztor. Prace trwały blisko 20 lat i zostały ukończone w 1706 r.
Reformaci mirowscy utrzymywali się z uprawy ogrodu, wyrobu tkanin na habity zakonne, pościel, bieliznę, z działalności duszpasterskiej oraz ofiar składanych przez wiernych za msze św. i pogrzeby w klasztornym kościele. Nie było natomiast u reformatów skarbon kościelnych i nie zbierano pieniędzy na tacę - klasztor był wspomagany stale przez zamek pińczowski: „W przeciągu 1698-1700 r. różnego zboża wziął konwent więcej jak 130 ćwierci prócz masła, sera, baranów, kapłonów itd.” (ks. J. Wiśniewski). Kiedy brakowało niezbędnych funduszy na utrzymanie, bracia zbierali jałmużnę w pobliskich dworach i wioskach.
Pińczowski Klasztor Franciszkański był miejscem kontemplacji, co znalazło odbicie w rozkładzie zajęć w ciągu całego dnia zakonnego. Każdy dzień rozpoczynał się modlitwą nocną odprawianą w połączeniu z medytacją. O świcie zakonnicy odmawiali brewiarz i odprawiali Msze św. Później kilkakrotnie jeszcze w ciągu całego dnia gromadzili się na wspólnej modlitwie, a dzwon na wieży sygnalizował okolicznej ludności, jaką część modlitwy odmawiano w klasztorze. W ten sposób wytworzył się wspólny rytm życia klasztoru i miasta. Mieszkańcy wiedzieli, kiedy należy śpiewać Godzinki, odmawiać Anioł Pański, śpiewać Magnificat, modlić się za zmarłych, za Ojczyznę czy o oddalenie różnego rodzaju klęsk żywiołowych. Taki rozkład dnia przetrwał w Pińczowie prawie do końca XIX wieku.
Wśród modlitewnych rozważań szczególne miejsce zajmowało rozpamiętywanie tajemnic Męki Pańskiej - wszak założyciel zakonu św. Franciszek był naznaczony stygmatami. Reformaci, w podcieniach muru okalającego przykościelny dziedziniec, urządzili we własnym klasztorze Stacje Pasyjne (ogólnie dostępne). W każdy piątek i niedzielę odprawiane było nabożeństwo Drogi Krzyżowej, a w tzw. piątki marcowe i niedziele Wielkiego Postu śpiewano Gorzkie żale. W Wielkim Tygodniu przygotowywano bogato zdobiony grób Chrystusa.
W Boże Narodzenie, zgodnie z tradycją franciszkańską, wystawiono szopkę ze żłóbkiem Bożego Dzieciątka. Począwszy od XVIII wieku szopkę pińczowską dekorowano figurami rzeźbionymi w drewnie, których znakomitym wykonawcą był o. Antoni Węgrzynowicz, znany w owych czasach mariolog polski. Kompozycję ustawiano na tle panoramy Pińczowa lub Betlejem. W okresie zaborów szopka mirowska stawała się symbolem polskości, dając nadzieję i budząc wolę przetrwania polskiego narodu.
Franciszkanie pińczowscy dzielili z mieszkańcami miasta wzloty i upadki, uniesienia i nieszczęścia. „Zróżnicowanemu pod względem religijnym miastu - piszą prof. A. Mitkowska i o. Albin Sroka OFM - potrzebni byli zakonnicy, którzy nie posiadając na własność dóbr doczesnych, byli wolni duchem, przez co nigdy nie stali się obiektem ludzkich manipulacji. Przykładem własnego życia i nawoływaniem do pojednania starali się łączyć podzielone społeczeństwo”.
Po utracie niepodległości Pińczów znalazł się w zaborze rosyjskim. Franciszkanie rozwijali aktywną działalność patriotyczną, a po upadku powstania styczniowego pozostali w klasztorze na Mirowie do śmierci ostatniego z nich pod nadzorem straży policyjnych i wizytatorów biskupich. Ostatni popowstaniowy franciszkanin mirowski o. Innocenty Boniszewski zmarł w 1910 r. i wówczas zlikwidowano klasztor. Budynki klasztorne przejęły władze miasta i przeznaczyły na szpital, który zaczął funkcjonować już w 1908 r. Pracę pielęgniarską objęły najpierw siostry szarytki (do 1943 r.), a po nich posługę chorym sprawowały siostry sercanki.
Działania wojenne podczas I wojny światowej nie ominęły miasta. Ostrzelano kościół na Mirowie; zniszczeniu uległy ściany i dach.
Franciszkanie powrócili do Pińczowa w 1928 r. Najpierw osiedlili się tu dwaj zakonnicy; z czasem liczba stałych mieszkańców klasztoru wzrosła. Podjęto pracę duszpasterską, nadto przyjęto kapelanię w szpitalu, ochronce oraz w miejskim więzieniu.
W czasie II wojny światowej klasztor był siedzibą Rady Głównej Opiekuńczej (RGO) i dzięki temu nie ucierpiał. W klasztorze znaleźli schronienie partyzanci, wielu cywilów i zakonników znajdujących się w niebezpieczeństwie.
Po wojnie budynek klasztorny poddano pracom renowacyjnym; odnowiono także wnętrze kościoła. Dziś prowadzone przez franciszkanów duszpasterstwo nastawione jest na pracę we własnym kościele z zachowaniem praktyk zgodnych z regułą zakonu, na działalność rekolekcyjną oraz bardzo intensywne szerzenie czci Cudownego Obrazu Matki Bożej Mirowskiej.