O. Fokcińskiemu, który przez prawie pół wieku kierował Papieskim Instytutem Studiów Kościelnych, a jednocześnie przez 20 lat czuwał nad poprawnością procesów beatyfikacyjnych i kanonizacyjnych, przybyło oddać hołd ponad 30 kapłanów, w większości pracowników Watykanu. Wśród nich był także jałmużnik papieski, kard. Konrad Krajewski.

W czasie uroczystości pogrzebowych przypomniano słowa modlitwy św. Tomasza z Akwinu: „Nie chcę być świętym, ale zgryźliwi starcy to jeden ze szczytów osiągnięć szatana”, które o. Fokciński przywołał w czasie jubileuszu 50-lecia swojego kapłaństwa. Modlitwa ta najwidoczniej spełniła się w jego życiu, gdyż został zapamiętany jako człowiek życzliwy i uśmiechnięty, zawsze służący pomocą.

„Naukowcy, którzy z całego świata przyjeżdżali, aby szukać materiałów w Archiwach Watykańskich, zawsze mogli liczyć, że on będzie ich przewodnikiem. Zawsze pomagał. Jestem pełen uznania dla jego osiągnięć, dla jego publikacji. Druga rzecz, to ogromna pokora - wszystko to robił w ciszy, nie lubił rozgłosu, nie stawiał się nigdy na świeczniku, ale tego wszystkiego dokonywał w cichości, oddaniu" - powiedział Radiu Watykańskiemu kard. Grocholewski.

Na zakończenie liturgii pogrzebowej głos zabrał także ambasador Polski przy Stolicy Apostolskiej, Janusz Kotański, który podkreślił, że o. Fokciński, poza pracą w Instytucie Studiów Kościelnych, poświęcił się także pracy w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych. Nie bez znaczenia więc jest, że odszedł do Pana w wigilię wspomnienia liturgicznego św. Ignacego Loyoli, założyciela jego zakonu i wielkiego świętego, który na pewno nad nim czuwał.

O. Hieronim Fokciński spoczął w jezuickiej kwaterze na rzymskim cmentarzu Campo Verano.