Biskup Pelczar odwołując się do nauczania papieży, podejmował bardzo mocną krytykę organizacji wolnomularskich, szerzących totalny liberalizm we wszystkich dziedzinach życia społecznego. Uważał, że masoneria stanowiła duże zagrożenie dla życia religijnego wiernych, ponieważ pragnęła „ludzkość tak zająć kultem ciała i materialnego postępu, by nie miała nawet czasu myśleć o Bogu”. Ukryta w cieniu tajemniczości organizacja zamierzała zniszczyć wszystkie religie pozytywne, szczególną nienawiść kierując przeciwko wierze katolickiej. Sama zaś miała ambicje stać się „niejako kościołem świata i zaprowadzić […] mglistą wiarę w «Wielkiego Budowniczego świata», a raczej kult natury i człowieka”. Natomiast w sprawach politycznych, aspiracje sekty masońskiej zmierzały do obalenia wszystkich monarchii, „by na ich gruzach utworzyć republikę na modłę swoją i federację tych republik, z rządem sekty na czele”.
Pasterz diecezji przemyskiej nie miał wątpliwości, iż organizacje wolnomyślicieli podejmowały liczne akcje skierowane przeciwko Kościołowi. Otwarcie i skrycie atakowały katolickie wartości moralne, siejąc całą garścią bezbożność i demoralizację, głównie wśród osób wykształconych. Tworzyły też prawo, które w imię tolerancji i nieograniczonej wolności miało usunąć zupełnie religię z życia publicznego.
Bp Pelczar podczas wystąpienia sejmowego w 1904 r., zarzucił władzom autonomii galicyjskiej tolerowanie destrukcyjnej moralnie działalności organizacji masońskich. Stwierdził, że postępujące wśród starszej młodzieży zdziczenie obyczajów miało swoją przyczynę w propagowanym liberalizmie moralnym. Wydawane przez liberałów książki i czasopisma, rozpowszechniane wśród młodych ludzi, celowo niszczyły autorytety moralne, otwarcie atakując duchowieństwo, zasady religijne i ogólnie przyjęty porządek społeczny. Nie cofały się nawet przed głoszeniem bluźnierczych poglądów i rzucaniem oszczerstw pod adresem ludzi cieszących się poważaniem. Takiej niezdrowej etycznie sytuacji, zdaniem Biskupa, sprzyjała bierna a nawet akceptująca zło postawa wymiaru sprawiedliwości, który poprzez swoją pobłażliwość sprawiał, iż przeciwko oszczercom nie było żadnej skutecznej broni. Czuli się bezkarni, co wzmagało u nich zuchwałość i agresję.
Narastający problem panoszącego się liberalizmu moralnego niepokoił również biskupów galicyjskich, którzy w hedonistycznej postawie widzieli zagrożenie dla życia społecznego. Ich zdaniem, pragnienie całkowitej wolności i niezależności przeradzało się z czasem w samowolę, nie uznającą żadnej władzy ani autorytetu. Takie postępowanie prowadziło do odrzucenia niezmiennych zasad moralnych, a także do anarchizacji społeczeństwa. Wygórowane pragnienie niezależności i przesadna chęć korzystania z nieograniczonej wolności podkopywały wszelką władzę i autorytety, na których opierał się moralny porządek społeczeństw. Zanikała również dawna powaga i „znaczenie ojców w rodzinie, nauczycieli w szkole, rządzących w państwie”. Te same osoby, które stanowczo nie chciały i nie umiały słuchać nikogo, narzucały innym swoją wolę i pragnęły „panować nad drugimi i to nie tyle dla dobra społeczeństwa, ile raczej dla zadowolenia własnej ambicji”.
W ocenie Ordynariusza przemyskiego, dla obrony wartości katolickich przed wrogimi Kościołowi ugrupowaniami konieczne było utworzenie dobrze przygotowanej i silnej organizacji katolickiej, zrzeszającej pod wspólnym sztandarem wszystkie warstwy społeczne. Jedynie ona mogła się skutecznie przeciwstawić masonerii i socjalizmowi, które razem utworzyły zwarte falangi, podejmujące działania wymierzone w wartości katolickie. Przykładem godnym naśladowania były, zdaniem bp. Pelczara, organizacje katolickie w Niemczech i Belgii, stanowiące poważną siłę opierającą się naporowi przeciwników religii. Natomiast w państwach takich jak Francja i Włochy, z powodu braku prężnie działających stowarzyszeń katolickich, ludzie wierzący, pomimo liczebnej przewagi nie mieli większego wpływu na życie społeczne. Wroga wobec Kościoła polityka masonerii przynosiła, zdaniem Biskupa, tragiczne wręcz skutki w chrześcijańskich państwach Europy. We Francji organizacje masońskie razem z socjalistami, po objęciu rządów z całą siłą uderzyły w instytucję Kościoła, usuwając religię ze szkół, a także dokonując rozdziału Kościoła od państwa przy równoczesnej likwidacji zakonów i konfiskacie ich dóbr. Również Portugalia po ustanowieniu nowej republiki stała się areną wystąpień przeciwko Kościołowi. Natomiast we Włoszech organizacje masońskie manifestując swoją siłę, zwołały kongres do Rzymu w celu upokorzenia papiestwa. Jednak najbardziej okrutne wydarzenia miały miejsce w Hiszpanii, gdzie w wyniku zamieszek wywołanych przez masona i anarchistę Ferrera, spalono w Barcelonie 34 kościoły i klasztory oraz zamordowano wielu księży. Zdaniem Ordynariusza, dokonało się bezprawie straszne i wołające do nieba o pomstę, która niebawem miała nadejść. Karą dla ludzkości i przestrogą wzywającą do opamiętania była pierwsza wojna światowa. Nie ograniczyła ona jednak zakresu działalności masonerii. Biskup uważał, że masoneria opanowawszy władzę w wielu państwach, wywierała mocny wpływ na całe narody i umyślnie przedłużała wojnę. Nawet w krajach katolickich podburzała opinię publiczną przeciw Stolicy Apostolskiej, która niestrudzenie wzywała ludzkość do pojednania i zaprowadzenia pokoju. Ordynariusz był przekonany, iż masoneria stanowiła wówczas olbrzymią międzynarodową siłę zrzeszającą około dwóch milionów członków, zajmujących najczęściej prestiżowe stanowiska i urzędy publiczne.
Według bp. Pelczara, w 1918 r. jednym z najpoważniejszych zagrożeń dla odradzającego się społeczeństwa polskiego i dla jego życia religijno-moralnego nadal pozostawały związki wolnomularskie. Na czele organizacji pragnących zniszczyć Kościół stała masoneria, „wróg podobny do szatana”, ponieważ działał skrycie, przebiegle i podstępnie, często posługując się kłamstwem oraz przewrotnymi metodami postępowania. W Liście otwartym skierowanym w 1921 r. do posłów odrodzonego państwa polskiego, Ordynariusz przemyski stwierdził, że masoneria w ostatnich latach wzmocniła swoją siłę, zawierając sojusze z wszystkimi nieprzyjaciółmi wiary katolickiej. Dlatego należało pilnie „ubezpieczyć obronę Rzeczypospolitej nie tylko przeciw domowym bolszewikom i złym sąsiadom, czyhającym na naszą zgubę, ale także przeciw trzem potężnym wrogom za granicą, nienawidzącym śmiertelnie Polski, jakimi są: sekta masońska, międzynarodowy związek socjalistyczny i plutokracja żydowska”.

Opracowano na podstawie:
Biskupi Galicyi i Bukowiny, List Pasterski na Wielki Post roku 1908, Kronika Diecezji Przemyskiej z 1908 r.
Księga Pamiątkowa drugiego Kongresu Maryańskiego polskiego i zarazem wiecu katolickich stowarzyszeń polskich, odbytego w Przemyślu w dniach 26, 27, 28 sierpnia 1911 r., Przemyśl 1912.
List otwarty biskupa przemyskiego... do posłów diecezji przemyskiej a pośrednio do wszystkich posłów Sejmu ustawodawczego, Kronika Diecezji Przemyskiej z 1921.
Tenże, Masonerya. Jej istota, zasady, dążności, początki, rozwój, organizacya, ceremoniał i działanie, Lwów 1914.