W tradycyjnym wychowaniu ważną rolę odgrywa ukazywanie ideałów i wzorców wychowawczych. Prus, idąc za wskazówką Chrystusa: „Bądźcie więc wy doskonali, jak doskonały jest Ojciec wasz niebieski” (Mt 5, 48) ukazywał Boga jako najwspanialszy ideał wychowawczy i wzorzec do naśladowania. Za wzór godny najwyższego naśladowania uważał także Jezusa Chrystusa. Jego zdaniem religia daje człowiekowi wewnętrzną siłę do kształtowania władz duchowych: woli - poprzez mobilizowanie go do walki ze złem i panowania nad sobą; uczucia - zachęcając go do miłości do ludzi i natury; umysłu - ucząc go o Bogu Wszechmocnym i Mądrym. Daje też motywację do doskonalenia się, wskazując na nagrodę lub karę wieczną.
Prus widział także wychowawczą rolę kultu maryjnego, dlatego w swojej prozie zachęcał do odmawiania modlitw do Matki Bożej, szczególnie Pod Twoją obronę, oraz do umieszczania Jej obrazów w mieszkaniach. Obecność obrazów mobilizuje domowników do unikania zła i czynienia dobra. Stąd w jego utworach beletrystycznych święte obrazy, obok portretów wybitnych postaci historycznych, wisiały w domach ludzi pobożnych i prawych. Natomiast u ludzi złych, do których zaliczał też emancypantki, czyli feministki, takich obrazów nie było, ale były za to portrety bezbożników (Robespierre’a, Woltera, Dantona). W 1895 r. dzielił się z żoną wrażeniem, jaki zrobił na nim obraz Madonny Rafaela oraz Matki Bożej Częstochowskiej, która „rozlewa taki sam czar, dzięki wierze milionów”. Budząc ufność we wstawiennictwo Maryi, zachęcał katolików do noszenia medalików, szczególnie z wizerunkiem Matki Bożej Częstochowskiej. Dawał wyraz przekonaniu, że medalik poprzez przypominanie o sprawach transcendentalnych chroni człowieka przed popełnieniem zła.
W II poł. XIX w. dało się zauważyć wzmożenie ruchu pielgrzymkowego do sanktuariów maryjnych, a szczególnie na Jasną Górę w Częstochowie, która dla Polaków ze wszystkich zaborów była zwornikiem i szkołą patriotyzmu. W 1894 r. w pieszej pielgrzymce na Jasną Górę uczestniczył Władysław S. Reymont. Swoje przeżycia opisał w książce Pielgrzymka do Jasnej Góry. Również Prus doceniał rolę pieszych pielgrzymek na Jasną Górę, ponieważ widział w nich wielkie walory religijne, wychowawcze, patriotyczne i krajoznawcze. W 1878 r. polemizował ze swoim dawnym kolegą szkolnym, a zarazem stałym ideowym antagonistą Aleksandrem Świętochowskim, który powołując się na względy higieniczne, ekonomiczne i moralne, widział w pielgrzymkach szkodliwość społeczną. Prus uznał te ataki za przejaw nietolerancji względem ludzi wierzących. Ciekawą jest rzeczą, że podobnych argumentów wysuwanych przez „papieża pozytywizmu” (tak nazywano Świętochowskiego) przeciwko organizowaniu pielgrzymek w czasach PRL-u używali komuniści.
Ważną rolę wychowawczą odgrywał też ożywiony wówczas kult świętych, zwłaszcza polskich, oraz zainteresowanie ich żywotami. Prus również jest autorem opowiadania Z żywotów świętych traktującego o jednym ze świętych węgierskich. Podobnie jak kaznodzieje i hagiografowie, również Prus ukazywał ich jako wzory do naśladowania. Ciekawe, że wśród inteligencji tamtych czasów najbardziej popularny był św. Franciszek z Asyżu. Do ożywienia jego kultu przyczyniło się m.in. przetłumaczenie i wydanie przez Leopolda Staffa jego Kwiatków. Również Prus urzeczony był osobowością „biedaczyny z Asyżu”. Ukazywał go jako przykład właściwego stosunku do świata przyrody, pogody ducha i ewangelicznego radykalizmu.
Prus wskazywał na fakt, że wiara pełni ważną funkcję w życiu człowieka wtedy, kiedy jest traktowana serio i jest odpowiednio pogłębiona, do czego zresztą nieustannie zachęcał: „Wiara zaś żywa, a szczególnie poparta głębszym rozumowaniem, jest bardzo korzystna dla człowieka. Uspokaja go, a nawet pociesza, uszlachetnia”. Jego ostatnie złożone do druku za życia teksty zawierały taką sentencję: „Bez wiary będziesz ubogi, nędzarz, opuszczony, zrozpaczony, zabłąkany”. Stąd był poważnie zaniepokojony stanem religijności większości Polaków na tle widocznego na przełomie XIX i XX ożywienia religijnego na Zachodzie. W jego ocenie pobożność Polaków cechowała płytka dewocja wiernych i formalizm duchowieństwa. „Religia w naszym społeczeństwie - pisał - ogranicza się do praktyk, a w najlepszym razie do pielęgnowania etyki; nie rozpala jednakże dusz ludzkich ani porywa do celów nadziemskich”. Podobne obserwacje na terenie Galicji poczynił też Stanisław Brzozowski: „Polak wie, że msza się odprawia, że żona i służba chodzą do spowiedzi, że jest święcone i że przed śmiercią trzeba będzie o tym wszystkim pomyśleć. Ignorancja co do właściwego przedmiotu wiary, dziejów Kościoła i jego organizacji wprost nieprawdopodobna”.
W jego ocenie wielki wpływ na niską świadomość religijną miały: podkopywanie wiary przez wolnomyślicieli i mariawitów, represyjna polityka zaborców wobec Kościoła, laicyzacja życia i materializm praktyczny. Prus, dostrzegając pozytywną rolę religii, był zaniepokojony próbami jej wyeliminowania z życia narodowego. W 1910 r. przestrzegał, że walka z religią będzie miała negatywne skutki dla społeczeństwa: „Jestem człowiekiem przekonań niezależnych (...). Tym więc śmielej mogę powiedzieć: nie podkopujcie religii, gdzie ona istnieje, gdyż religia to bardzo ważny organ życia społecznego; nie róbcie sportu z niedowiarstwa, gdyż zabawą tą na wiele lat, jeżeli nie pokoleń, możecie zgnoić ojczyznę. Już dziś snują się przed naszymi oczami całe tłumy charakterów marnych (...), których mnożenie się zawdzięczamy - propagandzie filozofii ateistycznej”.
Refleksje Prusa dotyczące roli religii w wychowaniu jednostek i narodu nic nie straciły ze swej aktualności. Również jego diagnozy odnośnie do poziomu religijności Polaków, mimo upływu stu lat, dokładnie pasują do dzisiejszej rzeczywistości i świadczą o tym, jak powoli ewoluuje świadomość religijna naszego społeczeństwa. Stąd słowa Pana Jezusa skierowane do Szymona Piotra: „Wypłyń na głębię” (Łk 5, 4), do których nawiązuje Ojciec Święty w liście apostolskim na rozpoczęcie trzeciego tysiąclecia, są również poważnym wezwaniem dla naszego pokolenia. Warto się też zastanowić w świetle wypowiedzi Prusa nad skutkami wyeliminowania religii z życia społecznego, którą to tendencję daje się zauważyć w niektórych środowiskach.