Konferencja rozpoczęła się Mszą św. koncelebrowaną pod przewodnictwem bp. gen. Sławoja Leszka Głódzia - biskupa polowego Wojska Polskiego. Po Mszy św. uczestnicy konferencji udali się do starego gmachu KUL. Tam nastąpiło odsłonięcie i poświęcenie tablicy upamiętniającej działalność i osobę bł. komandora podporucznika ks. Władysława Miegonia, byłego studenta KUL i pierwszego kapelana marynarki wojennej. Tablica znajduje się na pierwszym piętrze budynku; ufundowało ją Stowarzyszenie „Pro Mari et Fide”. Na zakończenie tego dnia odbył się koncert Orkiestry Marynarki Wojennej i zespołu „Flotylla”.
Obrady naukowe, poświęcone historii duszpasterstwa wojskowego, rozpoczęły się od wręczenia Rektorowi KUL portretu bł. Wł. Miegonia. Rektor ks. Andrzej Szostek, witając gości, podkreślił związki pomiędzy uczelniami, tj. między KUL-em a Akademią Marynarki Wojennej w Gdyni. Odczytano także telegram do Ojca Świętego.
Konferencję podzielono na cztery sesje. Pierwsza z nich poruszała tematykę podstaw organizacji, funkcji i zadań duszpasterstwa wojskowego we współczesnym świecie. Prelegenci skupili się głównie na tym, jakim problemom muszą stawiać czoła kapelani wojskowi. Rozmawiano o kapelanach wojskowych w siłach zbrojnych Rzeczpospolitej Polskiej. Referat bp. Głódzia przybliżał działalność ONZ jako organizacji stojącej na straży bezpieczeństwa i jej misje pokojowe. Ksiądz Biskup szczegółowo omówił też działalność NATO. W drugiej części podjęto problematykę historyczną. Prelegenci przedstawiali duszpasterstwo w wojsku I Rzeczypospolitej i w okresie powstań narodowych. Obrady te prowadził prof. Jan Ziółek. Sesja trzecia nosiła tytuł: Duszpasterstwo wojskowe w armiach zaborczych i w odrodzonej Rzeczypospolitej. Przewodniczącym tej konferencji był ks. prof. Zygmunt Zieliński. Ta część konferencji dotyczyła nie tylko katolickich duszpasterstw wojskowych; referat nt. duszpasterstwa greckokatolickiego wygłosili prof. Zbigniew Karpus. Ciekawym było też wystąpienie prof. Zofii Iwaszkiewicz, która mówiła o naczelnych rabinach i imamach Wojska Polskiego, sprawujących posługę w okresie międzywojennym. Ostatnia sesja poświęcona była duszpasterstwu Marynarki Wojennej II Rzeczypospolitej podczas II wojny światowej. Przewodniczącym był prof. Józef Dyskant. Oprócz działalności duszpasterstwa jako instytucji mówiono również o bł. Władysławie Miegoniu.