Poznałem ks. Stanisława Małkowskiego w 1979 r. jako młodego księdza, który wstąpił do seminarium po ukończonych ze znakomitymi wynikami studiach socjologicznych na Uniwersytecie Warszawskim. Zbliżyła nas idea obrony życia, o którą tak mocno zabiegał nasz wspólny mistrz, prymas Stefan Wyszyński. Staś, wraz z o. Jackiem Salijem, dominikaninem, i ks. Stanisławem Ługowskim, był współzałożycielem Ruchu Obrony Dzieci Poczętych „Gaudium Vitae”. Imponował mi umiejętnością logicznego argumentowania w sporach ze zwolennikami aborcji. Przekonywał, że obrona życia to nie kwestia światopoglądu religijnego, lecz podstawowe prawo do życia, które winno być respektowane przez wszystkich ludzi.

Przede wszystkim jednak Stanisław imponował mi odwagą. Wraz z aktorem Maciejem Rayzacherem i Mariuszem Krajewskim pikietował gabinety ginekologiczne, gdzie dokonywano aborcji. Na jedną z takich pikiet zabrali także mnie, wówczas dziennikarza Słowa Powszechnego. Pamiętam gwałtowną reakcję lekarza abortera, który zwymyślał nas i sprowadził milicję. Na szczęście skończyło się tylko spisaniem przez funkcjonariuszy MO.

Już wtedy Stanisław był pod ostrzałem PRL-owskich propagandystów, m.in. Jerzego Urbana, który z niego drwił i go obrażał. Kiedyś ks. Małkowski przyszedł do mnie do redakcji z prośbą o publikację polemiki z tym dziennikarzem, która – z podaniem personaliów adresata – zawierała jedynie cytat z Dziejów Apostolskich: „Uderzy w ciebie Bóg, grobie pobielany”. Wyperswadowałem mu, że taka polemika nie przystoi księdzu katolickiemu nawet z takim nikczemnym człowiekiem, jakim był Urban. Zresztą cenzura PRL-owska nie przepuściłaby takiego tekstu, uderzającego w pupilka władzy.

Odnosiłem wrażenie, że Stanisław niczego i nikogo się nie bał. Kiedy odwiedzałem go w jego domu przy ul. Złoczowskiej, już od progu widziałem paczki z wydawnictwami publikowanymi poza zasięgiem cenzury.

Wspomagał całym sercem innego niepokornego i niezłomnego kapłana – ks. Czesława Sadłowskiego, proboszcza ze Zbroszy Dużej, który mimo szykan walczył o wybudowanie tam kościoła, powołał do życia Komitet Samoobrony Chłopskiej Ziemi Grójeckiej i udzielał gościny działaczom opozycji demokratycznej.

Stanisław stał się znany w całej Polsce przede wszystkim jako wierny przyjaciel ks. Jerzego Popiełuszki. Pomagał mu w duszpasterstwie przy akademickim Kościele św. Anny i pobliskim Kościele Res Sacra Miser. Od 1982 r. odprawiał wraz z ks. Jerzym przyciągające rzesze wiernych nie tylko z Warszawy, ale i całej Polski Msze św. za ojczyznę w Kościele św. Stanisława Kostki na Żoliborzu.

W wolnej Polsce ks. Małkowski dał się poznać jako bezkompromisowy orędownik dekomunizacji i lustracji. Po katastrofie smoleńskiej przewodniczył modlitwom przed Pałacem Prezydenckim w Warszawie. Mocno angażował się w sprawę intronizacji Jezusa Chrystusa na króla Polski, widząc w tym wielką szansę dla naszej ojczyzny.

Uważany był za postać kontrowersyjną. Jego dramat polegał na tym, że ze względu na swoje zaangażowanie w sprawy społeczne i polityczne, mimo niewątpliwego talentu duszpasterskiego, nie mieścił się w strukturach kościelnych. Przez wiele lat żył jako ksiądz bez przydziału, niejeden raz dyscyplinowany przez władze archidiecezji, które jednak nigdy nie zdecydowały się na karę ostateczną. Księdzu Stanisławowi nie można było bowiem odmówić przykładnej pobożności, dobrego prowadzenia się i niezwykłej wrażliwości na potrzeby duchowe ludzi ciężko doświadczonych: więźniów, umierających w hospicjach, bezdomnych czy dzieci niepełnosprawnych.

Dla mnie pozostanie przykładem człowieka odważnego, wiernego wyznawanym zasadom, który nigdy nie zabiegał o cokolwiek dla siebie i przeżył życie zgodnie z zasadą św. Tomasza Morusa: „Nie pozwól, bym się zadręczał tą rzeczą tak zawadzającą, która nazywa się moim «ja»”.