Historia parafii na wrocławskim Gaju sięga czasów II wojny światowej. Wyłoniła się ona z rozległej parafii św. Henryka. W latach przedwojennych, tj. w 1929 r., powstała najpierw parafia Ducha Świętego z pełnym zapleczem duszpasterskim, a w 1942 r. lokalia – jednostka administracyjna pozbawiona świątyni i domu parafialnego – pod wezwaniem św. Franciszka.

Poza względami związanymi z rozwojem personalnym miasta, na fakt utworzenia placówki duszpasterskiej dedykowanej świętemu z Asyżu wpływ miało prawo wojenne, które zwalniało proboszczów od służby wojskowej na froncie. W tej sytuacji parafia św. Henryka nie mogłaby funkcjonować, mając tylko jednego kapłana. Ówczesny biskup wrocławski, kard. Adolf Bertram, znalazł rozwiązanie – odtąd wikariusz parafii św. Henryka był równocześnie proboszczem wspólnoty św. Franciszka. Schematyzm Metropolii Wrocławskiej z lat 1942-44 wymienia ks. Franciszka Minicha jako pierwszego duszpasterza tej wspólnoty.