W okresie machabejskim wzrosło znaczenie Sanhedrynu. Jego orzeczenia odgrywały znaczącą rolę w kwestiach życia religijnego Hebrajczyków. Ze zdaniem Sanhedrynu liczyli się Machabeusze oraz pierwsi władcy hasmonejscy. Był on również postrzegany jako wsparcie w działaniach prowadzących do odzyskania pełnej niepodległości. Rola Sanhedrynu została umniejszona za panowania Aleksandra Janneusza z racji jego autorytaryzmu, co doprowadziło do konfliktu. Swe wpływy Sanhedryn odzyskał za panowania jego żony Aleksandry – tuż przed śmiercią Janneusz zasugerował jej pojednanie z Sanhedrynem. Wtedy też dokonano jego reorganizacji. W efekcie w jego skład weszli uczeni w Piśmie.

Po podporządkowaniu Judei Rzymowi władza Sanhedrynu została uznana przez zdobywców. Nie odrzucił jej również Herod, choć gdy Sanhedryn próbował zdjąć go z tronu, ten nakazał zabić wszystkich jego członków i wyznaczył nowy skład rady. Rzymscy prokuratorzy, po przejęciu władzy nad Judeą, pozostawili Sanhedrynowi władzę sądowniczą, traktując go jako narzędzie pomocne do ugruntowania władzy Rzymu. Do upadku Sanhedrynu natomiast przyczyniło się powstanie żydowskie w 70 r. Ostatecznie przestał on funkcjonować w IV wieku.

Sanhedryn liczył siedemdziesięciu członków, a z arcykapłanem siedemdziesięciu jeden. Ta liczba nawiązywała do liczby mężów wspierających Mojżesza na pustyni. Sanhedrynowi przewodniczył arcykapłan. Funkcja ta nie była sprawowana dożywotnio, stąd w zgromadzeniu tym byli też arcykapłani, którzy przestali sprawować ten urząd. Zgromadzenie nie było jednorodne. Tworzyły je dwie spierające się frakcje: saduceuszy i faryzeuszy. Tak więc linia podziału przebiegała między zapatrywaniami arystokratów i uczonych w Piśmie. Dodatkowy element struktury Sanhedrynu wiązał się z wchodzącą w jego skład grupą kapłanów. Ta zgodnie z biblijną tradycją dzieliła się na 24 klasy. W posiedzeniach Sanhedrynu uczestniczyli również Esseńczycy.

Według Flawiusza, Sanhedryn miał się zbierać w pobliżu Xsystos, położonego na zachód od świątyni. Nie wiadomo jednak, czy miejsce to znajdowało się na terenie świątynnym, czy też poza nim. Teksty rabiniczne mówią zaś o sali z gładzonych kamieni, a tę sytuują na terenie świątynnym. Jeśli tak, to Sanhedryn mógł obradować jedynie nocą, po zamknięciu bram prowadzących na plac świątynny. Otwarta jest również sprawa kompetencji Sanhedrynu. Niektórzy uważają, że mógł on wydawać wyroki śmierci, inni to negują, a jeszcze inni twierdzą, że wyroki te wymagały zatwierdzenia ze strony Rzymu.