Służbę tę będą mogli pełnić dla dobra wszystkich tym skuteczniej, im lepiej prowadzić będą ze sobą zdrową współpracę, uwzględniając także okoliczności miejsca i czasu” (GS 76). Poprzez „autonomię i niezależność” Sobór podkreślił wzajemny szacunek jednej instytucji wobec drugiej. Autonomia przysługuje Kościołowi znajdującemu się w granicach terytorium danego państwa.

Państwo zaś posiada autonomię w stosunku do Kościoła, ale to właśnie dziedziny działalności obydwu społeczności wyznaczają granice ich autonomii (J. Krukowski). W związku z tym Sobór dostrzegł konieczność rozgraniczenia kompetencji Kościoła i państwa. Podkreślił, że Kościół w żaden sposób nie utożsamia się ze wspólnotą polityczną i nie łączy się z żadnym systemem politycznym, ale jest znakiem i obroną transcendentnej osoby ludzkiej (GS 76) oraz narzędziem wewnętrznego zjednoczenia z Bogiem i jedności całego rodzaju ludzkiego (LG 1).
Podstawę odrębności obydwu społeczności stanowi misja Kościoła i aktualne problemy, które trzeba rozwiązywać. Państwo i Kościół istnieją dla dobra ludzi – państwo dla dobra swoich obywateli, a Kościół dla dobra wiernych. Kościół nie utożsamia się z państwem, a sprawy ziemskie przedstawia z punktu widzenia moralności. Rzeczami ziemskimi posługuje się na tyle, na ile wymaga tego realizacja Jego misji. Od Soboru Kościół zdecydowanie podkreśla swoją niezależność od państwa. Wspólnota polityczna także posiada swoją wartość oraz rządzi się swoimi prawami, które Kościół winien uszanować. Jej autonomia obejmuje różne formy działalności ludzkiej, które powinny być skierowane na dobro wspólne (J. Krukowski). Równocześnie zakłada ona niekompetencję państwa w sprawach religijnych. Państwo nie ma prawa ingerować w sprawy wiary, ani podejmować prób jej podporządkowania (P. Hemperek).

Nie powinno mieć wpływu na organizację i działalność Kościoła. W ten sposób Kościół domaga się uznania swojej niezależności ze strony państwa. Kościół i państwo są to dwa odrębne porządki prawne, z których każdy jest autonomiczny i niezależny z racji swoich zadań, których nie wolno zamieniać.

Obowiązek pochodzący z istotnych różnic między Kościołem a państwem i z konieczności pracy w tej samej przestrzeni i w tym samym czasie, dla tych samych ludzi, wyznacza relacje prawne między tymi instytucjami (W. Wójcik). Zasada wzajemnej autonomii i niezależności Kościoła i wspólnoty politycznej w swojej dziedzinie obejmuje więc nie tylko płaszczyznę moralną, ale również prawną. W tym aspekcie niezależność każdej z tych dwóch społeczności odmiennej natury utożsamiana jest z suwerennością. Suwerenność zaś powinna być atrybutem każdego państwa. Potwierdzeniem tego jest zwyczaj międzynarodowy, który wyróżnia dwa typy suwerenności: doczesną i duchową. Pierwsza przysługuje państwom (narodom) i reprezentującym je organom władzy, druga – Kościołowi reprezentowanemu przez Stolicę Apostolską (J. Krukowski). Suwerenność ta stanowi podstawę podmiotowości publicznoprawnej Stolicy Apostolskiej w stosunkach międzynarodowych. Dlatego też, zgodnie z zasadą autonomii i niezależności, każda z suwerennych wspólnot, zarówno Kościół, jak i państwo, powinny podejmować działania w ramach swoich kompetencji, tak, aby wnosiły wkład do wspólnego dobra poszczególnych ludzi i całego społeczeństwa.
Zasada wolności religijnej. W Deklaracji o wolności religijnej Sobór Watykański II proklamował zasadę indywidualnej i społecznej wolności człowieka w sprawach religii (DH 2). Prawo do wolności religijnej należy do katalogu podstawowych praw osoby ludzkiej. Podstawą poszanowania tego uprawnienia jest prawe sumienie, zaś źródłem godność osoby ludzkiej (PC 14), która powinna być fundamentem każdego prawa (T. Bertone). Sobór opracował pojęcie wolności sumienia i religii oraz oświadczył, że osoba ludzka ma prawo do wolności religijnej. Polega ona na tym, że wszyscy ludzie powinni być wolni od przymusu ze strony jednostki, grup społecznych i władzy, aby nikt nie był zmuszany do postępowania przeciwnego swemu sumieniu i nie doznawał przeszkód, działając zgodnie z nim, zarówno prywatnie, jak i publicznie oraz indywidualnie lub wspólnotowo.
Zasada wolności religijnej przejawia się w dwóch wymiarach: indywidualnym i wspólnotowym. W pierwszym z nich podmiotem wolności jest jednostka. Wolność ta stanowi podstawowe prawo człowieka do wolności sumienia i wyznania oraz do równego udziału w życiu publicznym bez względu na wyznanie. Z kolei wolność religijna w wymiarze wspólnotowym (społecznym), której podmiotem jest wspólnota ludzka (zbiorowość), odnosi się do zespołu uprawnień należnych wspólnotom religijnym, dzięki którym mogą one swobodnie spełniać swoje zadania.
Obydwa te aspekty wolności religijnej są ze sobą ściśle powiązane i nawzajem się warunkują. Tam, gdzie nie ma wolności w wymiarze indywidualnym, nie ma jej także w społecznym, a tam, gdzie nie ma jej w społecznym, nie może być mowy o wymiarze indywidualnym (R. Sobański). Sobór domagał się, aby wolność religijna była przez wszystkich uznawana i respektowana, również w relacjach między Kościołem a państwem. Poleca, aby prawo osoby ludzkiej do wolności religijnej było uwzględnione w prawnym porządku społecznym, aby stało się ono prawem państwowym (DH 2). Dopiero, gdy zasada wolności religijnej stosowana jest w praktyce, wówczas Kościół zyskuje warunki prawne do realizowania zasady autonomii i niezależności Kościoła od państwa (DH 13). Wolność religijna jest więc źródłem jego stosunków z państwami. Stanowi podstawowy warunek ich wzajemnych relacji opartych na współdziałaniu. Kościół chce swobody, a nie władzy bezpośredniej czy pośredniej nad społecznością polityczną. Jest to prawo elementarne, którego urzeczywistnianie jest jednym z podstawowych sprawdzianów ludzkości w każdym ustroju, społeczeństwie, systemie czy środowisku (RH 17). Władza państwowa, która dla siebie rezerwuje prawo do kierowania aktami religijnymi lub zabrania ich praktykowania, przekracza swoje kompetencje (DH 3).
Zasada współdziałania Kościoła i państwa. Wśród podstawowych zasad, na jakich powinny być oparte relacje między państwem i Kościołem, znajduje się również zasada współdziałania, a w pewnych sprawach także współpracy (J. Krukowski). Punktem wyjścia do współdziałania jest podkreślenie służebnej roli państwa Kościoła. Służba osobistemu i społecznemu powołaniu tych samych ludzi, która pełniona i realizowana jest odpowiednio do swoich zadań, zarówno przez państwo, jak i przez Kościół, implikuje do stwierdzenia, że przedmiotem współdziałania jest dobro wspólne (bonum commune). Ono zaś jest poszanowaniem praw i obowiązków osoby ludzkiej (PC 60). Obejmuje sumę warunków życia społecznego, dzięki którym człowiek może pełniej i szybciej osiągnąć własną doskonałość (MM 58). Do stwarzania takich warunków są zobowiązane zarówno państwo, jak i Kościół, dlatego ich współdziałanie w urzeczywistnianiu tego dobra jest nie tylko pożyteczne, ale i niezbędne. Prawne znaczenie dobra wspólnego sprowadza się do uznania go za taki porządek społeczny, który pozwala każdemu korzystać z praw i wolności wynikających z godności osoby ludzkiej. Realizacja dobra wspólnego urzeczywistnia się w perspektywie licznych form uspołecznienia. Ten pluralistyczny porządek rozpoczyna się od rodziny i poprzez różnorakie grupy sięga Kościoła i państwa (H. Krzemienowski). Dobro wspólne obecne jest więc we wszystkich przejawach życia społecznego i obejmuje trzy podstawowe komponenty (J. Krukowski): dobro człowieka, dobro rodziny i dobro narodu.
Z racji, że państwo i Kościół powołane zostały do tego, aby służyć tym samym ludziom, powinny one ze sobą współpracować. Sobór zalecił, aby wzajemne współdziałanie obydwu społeczności było zdrowe i uwzględniało okoliczności czasu i miejsca (GS 76). Forma i sposób, w jaki ma się ono dokonywać, nie zostały przez Vaticanum II bliżej zdefiniowane. Mają one uwzględniać i być odpowiednie do konkretnie istniejących warunków. Dlatego też Sobór celowo użył ogólnego sformułowania „z uwzględnieniem okoliczności miejsca i czasu” attentis locorum temporumque adiunctis). Kwestię relacji i form współdziałania Ojcowie soborowi pozostawili nierozstrzygniętą. Kościół w sprawach doczesnych nie może dostarczać gotowych rozwiązań. Inne są systemy ustrojowe w różnych krajach, inny też jest w nich stosunek do religii i Kościoła. Dlatego żadna forma uspołecznienia nie jest kompetentna do przedstawienia światu gotowych rozwiązań w tej dziedzinie. Zmieniające się wciąż warunki i systemy polityczne w państwach sprawiają, że jakakolwiek próba sporządzenia zamkniętego katalogu form współdziałania Kościoła i państwa, już na samym początku skazana byłaby na niepowodzenie.
Istnieją sposoby tego współdziałania, ale mają one charakter umowny. W celu ich urzeczywistnienia, współdziałanie między państwem i Kościołem powinno być uzgodnione przez obydwie strony. W związku z tym, że Sobór, proklamując zasadę zdrowego współdziałania Kościoła i państwa na rzecz dobra wspólnego, nie wskazał sposobów i form jego realizacji, problematykę tę można wyjaśnić stosowaną praktyką (np. za pomocą konkordatu). Środkiem wiodącym do tego uzgodnienia powinien być dialog, zmierzający do porozumienia się stron co do warunków współdziałania lub współpracy (J. Krukowski). Pozostawanie na płaszczyźnie dialogowej równości między partnerami jest uzasadnione tym, że druga strona nie zna autorytetu religijnego Kościoła i równocześnie ma poczucie, że przysługuje jej prawo do wolności religijnej. Kościół zaś uważa je za prawo przysługujące każdej osobie ludzkiej. Uznanie godności osoby ludzkiej i uszanowanie prawa człowieka do głoszenia swoich przekonań i do działania według własnego sumienia stanowią nieodzowny warunek nawiązania autentycznego dialogu. Kościół i państwo są równorzędnymi partnerami dialogu, którzy komunikują sobie swoje opinie w sprawach budzących obustronne zainteresowanie. Takie wzajemne ustosunkowywanie uwypukla relatywną autonomię świata i dziedzin doczesnych.