Na początku IV wieku cesarz Konstantyn kazał wybudować bazylikę na stoku Wzgórz Watykańskich, ponieważ tutaj znajdował się grób św. Piotra. Bazylika Konstantyna była więc budynkiem, który naukowcy określają jako „coemeteria subteglata”, tzn. zadaszony cmentarz, a jedyną racją bytu nowej budowli był znajdujący się w jej centrum grób Apostoła. Należy przypomnieć, że katedrą biskupa Rzymu była od początku Bazylika św. Jana na Lateranie i tam do XIV wieku rezydowali papieże. Ale Bazylika św. Piotra była zawsze miejscem pochówku papieży – ich lista widnieje na marmurowej płycie umieszczonej na ścianie korytarza prowadzącego do zakrystii i skarbca świątyni. Monumentalne grobowce znajdują się w bazylice, ale ostatnio papieże byli chowani w Grotach Watykańskich, tzn. bardzo obszernej krypcie świątyni – powstała ona, gdy nową bazylikę wzniesiono trzy metry wyżej niż stara budowla Konstantyna. Groty Watykańskie mają trzynawowy plan i szerokie obejście wokół grobu św. Piotra, przy którym wybudowano kaplice różnych narodów, w tym również kaplicę polską.

Grobowce większości ostatnich papieży znajdują się przy lewej nawie grot. Tutaj można zobaczyć prostą płytę nagrobną kanonizowanego 14 października papieża Pawła VI. Tutaj także przez 38 lat (czerwiec 1963 r. – styczeń 2001 r.) stał prosty sarkofag Jana XXIII, wykonany z trawertynu, z napisem: Ioannes PP. XXIII. Po beatyfikacji doczesne szczątki tego papieża umieszczono w przezroczystym sarkofagu w jednym z ołtarzy bazyliki.

Po drugiej stronie lewej nawy znajduje się natomiast sarkofag Jana Pawła I, wykonany z szarego marmuru i ozdobiony pięknymi renesansowymi rzeźbami aniołów autorstwa znakomitego rzeźbiarza Andrei Bregno. Kiedyś stanowiły one część monumentalnego tabernakulum, w którym przechowywano jedną z najcenniejszych relikwii bazyliki – fragment włóczni św. Longinusa. Ponieważ Jan Paweł I zmarł nagle, rzemieślnicy Bazyliki św. Piotra musieli wykonać w rekordowym tempie sarkofag, o którym nikt wówczas nie myślał, zważywszy że papież Luciani dopiero co rozpoczął swój pontyfikat. Watykańscy robotnicy korzystali z pomocy firmy kamieniarskiej Di Pasqua, która współpracuje z administracją bazyliki.

Gdy zmarł Jan Paweł II, nisza, w której stał kiedyś sarkofag Jana XXIII, była już pusta. Dlatego „ziemny” grób na trumnę Papieża Polaka przygotowano właśnie tutaj – watykańscy robotnicy przez 3 dni i 3 noce pracowali, by w podłodze przygotować dużą komorę, do której złożono ciało zmarłego 2 kwietnia 2005 r. Ojca Świętego. Grób przykryto marmurową płytą z prostym napisem: IOANNES PAULUS II PP., poniżej umieszczono daty pontyfikatu: 16 X 1978 – 2 IV 2005. Po beatyfikacji Papieża jego trumnę przeniesiono pod ołtarz kaplicy św. Sebastiana, w prawej nawie bazyliki, gdzie znajdują się również monumenty ku czci jego poprzedników: Piusa XI i Piusa XII. Nisza została oczyszczona i przygotowana na przyjęcie szczątków kolejnego papieża.

W Grotach Watykańskich, w niszy między nawą główną i lewą nawą, trzy lata temu ustawiono nowy, pusty sarkofag z białego marmuru (ten rodzaj marmuru nazywany jest „bianco alpi”), udekorowany kolumienkami z alabastru. Wydaje się oczywiste, że tym razem zadbano o przygotowanie pochówku dla żyjących jeszcze papieży, urzędującego i seniora, by uniknąć „improwizacji” po ich śmierci.