Pod koniec lat 40. XIX wieku przeszli jezuici starowiejscy ciężkie doświadczenie. Cesarz Ferdynand ogłosił dekret banicyjny. Chorzy mogli pozostać w jednym skrzydle kolegium, ponad trzydziestu innych zakonników rozproszyła się, szukając schronienia po parafiach i dworach przyjaciół. Aby kolegium starowiejskie nie uległo konfiskacie, w klasztorze starowiejskim pozostało trzech księży i dwóch braci. Kościół znowu przeszedł pod opiekę kapłanów dojeżdżających z Brzozowa. W 1852 r. jezuici zaczęli wracać do kolegium starowiejskiego i już we wrześniu przyjęto trzech nowicjuszy. W tym też roku biskup przemyski Franciszek Wierzchleyski utworzył w Starej Wsi odrębną parafię.

Oprócz pracy parafialnej i wychowawczej nad młodzieżą zakonną jezuici oddawali się z gorliwością pracy misyjnej i rekolekcyjnej po parafiach. Wznawiali też zaniedbane bractwa kościelne i uroczyste odpusty, na które przybywało coraz więcej pielgrzymów. Wielkie ożywienie życia religijnego w diecezji przemyskiej, jakiemu patronowali jezuici starowiejscy, przypada na lata 70. XIX wieku. W 1870 r. dawny rektor starowiejski, a potem prowincjał, Kasper Szczepkowski, prowadził pierwsze zamknięte rekolekcje dla duchowieństwa diecezjalnego, jakie sami księża zorganizowali w klasztorze Kapucynów w Krośnie; potem takie rekolekcje pod kierunkiem jezuitów urządzano w różnych klasztorach galicyjskich. W celu popierania misji i rekolekcji powstało w 1873 r., z inicjatywy o. Henryka Jackowskiego, wzorcowe dla innych diecezji stowarzyszenie księży diecezji przemyskiej „Societas Boni Pastoris”.

Najświetniejszy okres w życiu starowiejskiego kolegium przypada na okres rządów o. Henryka Jackowskiego. Objął on urząd rektora w 1871 r., a już w 1873 r. wskrzesił zapomniane od kasaty zakonu w 1773 r. Bractwo Dobrej Śmierci. Rektor przywiązywał wielką wagę do pracy duszpasterskiej w terenie. Z jego inicjatywy urządzano doroczne rekolekcje dla sióstr zakonnych, rekolekcje dla okolicznego ziemiaństwa, rekolekcje dla młodzieży w szkołach i pensjonatach prowadzonych przez siostry, a później również w poszczególnych parafiach. W kolegium starowiejskim osiadła też pierwsza grupa misjonarzy ludowych, która w 1875 r. wygłosiła 12 misji.

Punktem kulminacyjnym ożywionej działalności o. Jackowskiego była koronacja cudownego obrazu Matki Bożej Miłosierdzia w Starej Wsi, której 8 września 1877 r., z woli papieża Piusa IX, dokonał nuncjusz papieski z Wiednia, Ludwik Jacobini, przyozdabiając oblicze Bożej Rodzicielki w scenie „Zaśnięcia” złotą koroną papieską. Uroczystość zgromadziła, jak na tamte czasy wielką rzeszę wiernych różnych narodów i wszystkich obrządków – zarówno Polaków z trzech zaborów, jak Słowaków i Węgrów; łacinników, unitów i ormian. Koronacja stała się też okazją do spotkań dostojników kościelnych i państwowych, zwróciła uwagę na wielki problem unii kościelnej, tym bardziej, że właśnie w 1873 r. zniesiono unię w diecezji chełmskiej. Sam o. Jackowski dostrzegał rangę tego problemu; po złożeniu urzędu rektora kolegium, w 1877 r., udał się z misją do unitów podlaskich.

W latach 80. i 90. XIX wieku rozwijano nadal nowe formy duszpasterstwa. Od 1881 r. jezuici głosili w diecezji coroczne rekolekcje parafialne, przeważnie w okresie Wielkiego Postu. Od 1890 r. prowadzono systematycznie rekolekcje dla nauczycieli ludowych. W kościele starowiejskim zainicjowano w 1883 r. nabożeństwa różańcowe. Tu też powstały nowe bractwa i stowarzyszenia religijne: Kongregacja Mariańska Panów, Kongregacja Pań „Dzieci Maryi”, Arcybractwo Różańca Świętego, Kongregacja Świętej Rodziny, Kongregacja Mariańska Nauczycieli i Kongregacja Młodzieży. Stara Wieś była więc miejscem religijnych, kulturalnych i społecznych spotkań różnych warstw społecznych. W oparciu o wartości katolickie jezuici starowiejscy starali się służyć wspólnej sprawie: Bogu i Ojczyźnie.

W takiej atmosferze ożywienia religijnego zdobywała młodzież zakonna kolegium wykształcenie, przygotowując się do różnorodnej pracy kapłańskiej w kraju i na misjach zagranicznych. Dla młodych zakonników, którzy wstąpili do zakonu przed zdaniem matury, prowadzono w Starej Wsi gimnazjum (1875 – 1915) oraz studia retoryki (1861 – 1908). Przejściowo mieściły się tu studia filozoficzne (1861-67,1867, 1873-85) i teologiczne (1870-74).