Kościół św. Antoniego z Padwy przy dawnej ul. Psiej wybudowali bernardyni. Pojawili się oni we Wrocławiu wraz ze znakomitym kaznodzieją Janem Kapistranem w 1453 r. Szybko wybudowali kościół św. Bernardyna ze Sieny, obecnie Muzeum Architektury. Jednakże u zarania reformacji, w 1522 r., szykanowanym przez władze Wrocławia zakonnikom odebrano wspaniały kościół. W wyniku trwających ponad 150 lat procesów, jako rekompensatę rada miejska przekazała w 1679 r. franciszkanom działkę pod budowę nowej świątyni przy obecnej ul. Św. Antoniego. Bernardyni szybko wybudowali kościół i klasztor. Kościół konsekrowano w 1694 r. Wybuch wieży prochowej w 1749 r. uszkodził świątynię. Dzięki zaangażowaniu zakonników została odbudowana. Prześladowani przez władze pruskie bernardyni zmuszeni zostali w 1792 r. do opuszczenia kościoła, a kościół i klasztor przekazano elżbietankom, które były tu do 1945 r. Z czasów ostatniej wojny kościół wyszedł nieznacznie uszkodzony i tutaj 13 maja 1945 r. odprawiona została pierwsza polska Msza św. Kościół zaczął pełnić funkcję świątyni parafialnej św. Mikołaja. Posługiwali w nim salezjanie, a od 1987 r. księża diecezjalni. W 1998 r. kard. Henryk Gulbinowicz powierzył paulinom parafię św. Mikołaja i kościół św. Antoniego z Padwy.

Założony na planie prostokąta barokowy, jednonawowy kościół stanowi zwartą bryłę o długości 30 m i szerokości 18 m. Wkomponowany jest w zwartą zabudowę ul. Św. Antoniego. W niszy nad portalem umieszczono figurkę patrona świątyni. W jednonawowym wnętrzu o układzie emporowo-bazylikowym zwraca uwagę obraz Michała Willmanna „Wizja św. Antoniego z Padwy”, umieszczony w ołtarzu głównym. Sensacyjnego odkrycia dokonano w czasie remontu w 2010 r. – odnaleziono zniszczony obraz malowany na desce. Po przeprowadzonych badaniach okazało się, iż jest to obraz Michała Willmanna „Święty Jan Kapistran”. Po renowacji obraz umieszczono w bocznej kaplicy pod wezwaniem tegoż świętego. W kaplicy św. Judy Tadeusza, w górnej części retabulum znajduje się obraz „Sancta Maria Speciosa” pochodzący z Ratyzbony, gdzie słynął jako cudowny. Snycerkę do tej kaplicy wykonał znany na Śląsku rzeźbiarz Jan Jerzy Urbański. Zwraca również uwagę wczesnoklasycystyczna ambona z końca XVIII wieku.

Po przejęciu kościoła przez paulinów intronizowano Ikonę Jasnogórską. Świątynia stała się miejscem, gdzie wielu wiernych wyprasza łaski za pośrednictwem Najświętszej Maryi Panny. Decyzją abp. Józefa Kupnego 25 marca 2014 r. kościół został ustanowiony Diecezjalnym Sanktuarium Jasnogórskiej Matki Kościoła. W parafii od 3 maja 2014 r. odbywa się peregrynacja kopii Ikony Matki Bożej Jasnogórskiej. Osoby przyjmujące Ikonę zgłaszają się po nią w kościele i po wieczornej Mszy św. odbierają ją od rodziny, która gościła ikonę dnia poprzedniego. Sanktuarium znajduje się w Dzielnicy Wzajemnego Szacunku, gdzie w bliskiej odległości od siebie znajdują się: kościół katolicki, prawosławny, ewangelicki i synagoga.